Mevcut sözleşmenin bedel, süre, kapsam veya diğer hükümlerini değiştiren ek protokoller damga vergisi bakımından yeni bir kağıttır. Ancak vergi, protokolün gerçekten neyi değiştirdiğine göre hesaplanır.
Bedel artışı
Ek protokol sözleşme bedelini artırıyorsa, kural olarak artan belli para üzerinden damga vergisi doğar. Ana sözleşmenin daha önce azami tutardan vergilenmiş olması halinde özel kural kontrol edilmelidir.
Süre uzatımı
Yalnız sürenin uzatılması, bedelin otomatik olarak artıp artmadığına göre farklı sonuç doğurabilir. Aylık bedelli sözleşmede süre uzaması ilave belli para yaratabilir.
Kapsam değişikliği
Yeni iş kalemi veya ek hizmet eklenmesi ek bedel yaratıyorsa bu tutar vergilendirilebilir. Bedelsiz teknik değişiklik ise farklı değerlendirilebilir.
İş artışı
Kamu ihale sözleşmelerinde iş artışı ek sözleşme/protokol ile belgeleniyorsa artan bedel damga vergisi açısından ayrıca incelenir.