Serbest bölgelerde yürütülen faaliyetlerde kurumlar vergisi istisnası, faaliyet ruhsatının tarihi, faaliyet türü ve üretilen ürünün niteliğine göre değişen özel bir rejime tabidir. Serbest bölgede bulunmak tek başına bütün kazançların vergiden istisna olduğu anlamına gelmez.
Üretim kazançları
Serbest bölgede üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin imal ettikleri ürünlerin satışından elde ettiği kazançlar, Serbest Bölgeler Kanunundaki şartlarla gelir/kurumlar vergisinden istisna olabilir.
Faaliyet ruhsatı ve geçiş hükümleri
6 Şubat 2004 öncesinde ruhsat alan mükellefler ile daha sonraki ruhsatlar bakımından geçiş rejimleri farklı olabilir. Eski hakların süresi ruhsat tarihi ve faaliyet konusuna göre incelenmelidir.
Üretim dışı gelirler
Faiz, kur farkı, hurda satışı, hizmet gelirleri ve diğer yan gelirlerin üretim kazancı istisnasıyla bağlantısı ayrıca değerlendirilir. Her serbest bölge geliri otomatik olarak istisna değildir.
Ücret istisnası
Serbest bölgelerde belirli üretim şartlarını sağlayan işverenlerin çalışanlarına ödediği ücretlerde gelir vergisi istisnası/terkin sistemi bulunabilir. İhracat oranı ve üretim koşulları önemlidir.
KDV
Serbest bölgeye yapılan teslimler, serbest bölgeden Türkiye’ye teslimler ve serbest bölge içinde verilen hizmetlerin KDV durumu farklı hükümlere tabidir. Kurumlar vergisi istisnasıyla KDV rejimi karıştırılmamalıdır.